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学科建设
截至2017年2月，该校建有2个一级学科博士点，9个一级学科硕士学位授予点（覆盖56个二级学科硕士点），4个硕士专业学位点（30个领域）。
该校建有8个福建省一级重点学科，2个福建省特色重点学科，1个水产学科博士后科研流动站 。
福建省特色重点学科（2个）
水产、船舶与海洋工程。
福建省省级重点学科（8个）
一级学科博士点（2个）
水产学、船舶与海洋工程。
一级学科硕士点（9个）
水产、船舶与海洋工程、食品科学与工程、交通运输工程、应用经济学、体育学、数学、中国语言文学、生物学。
硕士专业学位点（4个）
农业推广硕士、工程硕士、教育硕士、税务硕士。
学科排名：
2017年12月28日，教育部学位与研究生教育发展中心公布全国第四轮学科评估结果，集美大学参评学科得分与排名位次如下：
| 序号 | 学校代码 | 学校名称 | 一级学科代码 | 一级学科名称 | 评估结果 | 位次百分位 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 10390 | 集美大学 | 0832 | 食品科学与工程 | C+ | 40%～50% |
| 2 | 10390 | 集美大学 | 0908 | 水产 | C+ | 40%～50% |
| 3 | 10390 | 集美大学 | 0403 | 体育学 | C- | 60%～70% |
| 4 | 10390 | 集美大学 | 0701 | 数学 | C- | 60%～70% |
教学建设
截至2017年2月，该校拥有3个国家级专业综合改革试点项目，6个国家级卓越人才培养计划专业，4个国家级特色专业、1个国家级教学团队、2个国家级实验教学示范中心、1个国家级虚拟仿真实验教学中心、1个国家级大学生校外实践教育基地，省级特色专业建设点和省级专业综合改革试点各11个，省服务产业特色专业8个，省创新创业教育改革试点专业4个，省级教学团队7个，省级实验教学示范中心15个，省级虚拟仿真实验教学中心1个。
该校所有的教学实习船“育德”轮总载重达6.4万吨，是世界上最大的教学实习船。
国家级特色专业（4个）
国家级本科专业综合改革试点项目（1个）
航海技术。
国家级卓越人才培养计划专业（6个）
-
卓越工程师教育培养计划改革试点航海技术、轮机工程。
-
卓越农林人才教育培养计划改革试点水产养殖学、食品科学与工程、海洋渔业科学与技术、动物科学。
国家级教学团队（1个）
轮机工程学科教学团队。
国家级实验教学示范中心（2个）
海上专业实验中心、水产科学与技术实验教学中心。
国家级虚拟仿真实验教学中心（1个）
海上专业虚拟仿真实验教学中心。
省级特色专业（11个）
水产养殖学、食品科学与工程、轮机工程、财政学、法学、航海技术、计算机科学与技术、会计学、民族传统体育、热能与动力工程等。
省级专业综合改革试点（11个）
水产养殖学、航海技术、食品科学与工程、机械设计制造及其自动化、轮机工程、小学教育、通信工程、船舶与海洋工程、热能与动力工程、计算机科学与技术、光信息科学与技术。
省级卓越人才培养计划专业（3个）
-
卓越工程师教育培养计划改革试点能源与动力工程、通信工程
-
卓越小学教师教育培养计划改革试点小学教育。
省级教学团队（7个）
微生物学教学团队、机械工程学科教学团队、轮机工程学科教学团队、水产养殖学教学团队、船舶与海洋工程专业核心课程教学团队、公共数学教学团队、航海技术教学团队。
省级实验教学示范中心（15个）
电工电子实验中心、物理实验中心、工程训练中心、生命科学基础实验中心、航海综合训练中心、轮机工程实验中心、水产科学与技术实验教学中心、艺术综合训练中心、机械基础实验中心、能源与动力工程专业实验教学中心、信息与计算科学专业实验教学中心、水产养殖学专业实验教学中心、财经专业实验教学中心、计算机实验教学示范中心、电子信息与通信工程实验教学示范中心。
省级虚拟仿真实验教学中心（1个）
财经学科虚拟仿真实验教学中心。
省级精品课程（37门）
省级人才培养模式创新实验区（8个）
小学教育专业人才培养模式创新实验区、基于强化实践技能的轮机工程专业复合型人才培养模式创新实验区、机械设计制造及其自动化专业人才培养模式创新实验区、航海技术专业应用性人才培养模式创新实验区、应用型创新人才工程训练实践教学创新实验区、三化结合理念下嵌入式与智能信息处理人才培养模式创新实验区、食品科学与工程专业人才培养模式创新实验区、社会体育专业人才培养模式创新实验区 。