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截至2017年底,学校拥有博士后工作站1个,博士学位授权一级学科点2个,拥有硕士学位授权一级学科点6个,硕士学位授权二级学科点34个,省级示范性硕士点2个,专业学位硕士授予点2个;国家中医药管理局重点学科18个、江西省一级学科高水平学科与“十二五”重点学科5个。
博士后工作站:江中国家工程研究中心博士后工作站
博士学位授权一级学科点:中医学、中药学
硕士学位授权一级学科点:中医学、中药学、中西医结合、药学、公共管理、计算机科学与技术
省级示范性硕士点:中医学、中药学
专业学位硕士授予点:临床医学、中药学
江西省一流学科:中药学、中医学
江西省高校高水平学科:中医学、中药学 
江西省重点学科:药学、中西医结合、公共管理
教学建设
截至2015年底,学校拥有国家级人才培养模式创新实验区1个,国家级高等学校实验教学示范中心1个,国家级虚拟仿真实验教学中心1个,国家级大学生校外实践教育基地1个,国家级本科专业综合改革试点1个,教育部高等学校特色专业建设点3个,国家级精品课程2门,国家双语示范课程1门,两项教学改革研究项目分别于2001年、2009年获得教育部国家教学成果二等奖。2014年,学校刘红宁教授牵头主持的“新时期高等中医药院校‘基础素质’教育理论创新与‘双惟模式’实践”获得国家级教学成果一等奖,率先在江西省高等院校中实现该奖项零的突破。 
国家级人才培养模式创新实验区:“产学研结合培养高素质复合型中药人才模式创新研究与实践”人才培养模式创新实验区
国家级高等学校实验教学示范中心:中药学类实验教学中心
国家级虚拟仿真实验教学中心:中药产业链关键环节虚拟仿真实验教学中心
国家级大学生校外实践教育基地:江西中医药大学—九江市中医医院临床技能综合培训中心 
国家级本科专业综合改革试点:药学
教育部高等学校特色专业建设点:中药学、药学、针灸推拿学 
国家精品课程:中药炮制学、中医诊断学
国家双语示范课程:中医诊断学示范课程