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计算机科学与技术专业通过与浙江大学计算机学院联合办学,培养既掌握计算机科学与技术,又具有一定医药学和生物医学知识背景的应用人才,于2001年开始招收计算机科学与技术专业本科学生。经过多年来的学科建设,初步形成了医学数据库开发和管理、医院信息系统网络设计和维护、医疗仪器及其应用软件开发和医学数字图像处理四个学科方向。明确了人才培养定位在于突出计算机与中医药学、生物医药学以及医院管理学知识的交叉渗透、突出计算机在中医药和生物医学领域应用,培养面向中医药和生物医药学领域、兼顾通用的计算机应用型人才。2005年被学校批准为校级重点建设专业。该专业现有专职教师22人,其中教授2人,副教授4人,并有一支以浙江大学计算机学院为主的稳定的高学历高职称的兼职教师队伍,有兼职教师24人。平均每年招收本科生130名,目前在校学生453人。2005年首届毕业生就业率98.32%,高于全省相同专业的平均就业率。
该专业已建成了能满足计算机和信息类课程教学的微机、电子技术、计算机组成原理、图形图像、嵌入式系统、虚拟仪器、微机与接口、计算机网络等专业实验室;承担了省教育厅立项的省级示范实验中心建设项目“医学信息技术中心”的建设;并与杭州市第一人民医院共建了临床信息系统实验室;与华为3COM公司合作,成立了华为网络学院。建成了校内以学生创业园为主,校外以IT企业和医疗企业为主的实践基地。