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我校中医学专业创办于1959年，目前有中医学及中西医临床医学2个五年制、中医内科学1个七年制的专业体系。拥有11个教研室， 1个中医学博士后流动站，3个博士点（中医内科、中西医结合临床、中医骨伤)，9个硕士点（中医内科、中医妇科、中医儿科、中医外科、骨伤科、五官科、西医内科、中西医结合临床、放射影象和核医学)。中医学专业于2003年被浙江省教育厅批准为省级重点建设专业。
中医学专业拥有雄厚的师资力量，现有教师292人，其中教授（主任医师)78人，副教授（副主任医师)143人，博士后3人，博士12人，硕士81人；博士生导师17人，硕士生导师216人。目前中医系在校学生近2100人，其中本科生达1700人（含七年制本硕连读学生478人)，硕士生340人，博士生53人。现已拥有专业实验室5个（血液病研究所、消化研究室、呼吸功能实验室、免疫实验室、骨伤研究所)，其中血液病研究所为中医药科研三级实验室，消化研究室为中医药科研二级实验室，呼吸功能实验室为省中医药重点实验室。拥有国家级重点学科1个（消化学科)，重点专科3个（肿瘤、神经内科、乳腺病)，省医学重点学科3个，省中医药重点学科9个。近年来开展的干细胞移植、异基因骨髓移植、脐带血移植、半相合移植、全髋置换、单髁置换、心脏介入性诊治、心脏瓣膜置换、腹腔镜技术、电子耳窝植入等治疗技术方面均达到国内和省内先进水平。目前有省级精品课程1门、校级精品课程3门。