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截至2016年8月,学校有3个国家重点学科,3个国家重点(培育)学科,2个农业部重点学科,2个省级重点学科群,10个省级一级重点学科,农业科学学科进入ESI国际学科排名前1%。有9个博士学位授权一级学科点,20个硕士学位授权一级学科点;1个博士专业学位授权类别,7个硕士专业学位授权类别;10个博士后科研流动站、2个博士后科研工作站;71个本科专业。 
世界一流学科建设学科:畜牧学
ESI全球前1%学科:农业科学、植物学与动物学 
国家重点学科(3个):农业机械化工程、基础兽医学、动物营养与饲料科学。
国家重点学科培育点(3个):蔬菜学、动物遗传育种与繁殖、临床兽医学。
农业部重点学科(2个):动物遗传育种与繁殖、动物营养与饲料科学。
省级重点学科群(2个):新型农业装备制造产业、绿色食品生产与加工。
省级一级重点学科(10个):作物学,畜牧学、兽医学、农林经济管理、食品科学与工程、农业工程、园艺学、生物学、农业资源与环境、植物保护。
“211工程”三期重点学科建设项目(5个):黑龙江省粮食作物丰产优质技术与应用、东北农区优质安全畜产工程、东北农区奶牛健康监控与疾病防治、粮食主产区现代农业装备创新工程、乳品大豆加工理论与关键技术。
博士后科研流动站(8个):畜牧学、作物学、兽医学、农业工程、农林经济管理、食品科学与工程、园艺学,生物学。
博士后科研工作站(2个):国家乳品工业技术研究中心、国家大豆工程技术研究中心。
博士学位一级学科授权点(9个):畜牧学、作物学、兽医学、农业工程、农林经济管理、食品科学与工程、生物学、生态学、草学。
博士学位二级学科授权点(48个):作物栽培学与耕作学,作物遗传育种,农业遥感与土地利用,作物生态学,农业机械化工程,农业水土工程,农业生物环境与能源工程,农业电气化与自动化,环境水利,农业系统工程与管理工程,基础兽医学,预防兽医学,临床兽医学,动物药学,动物遗传育种与繁殖,动物营养与饲料科学,特种经济动物饲养,畜牧系统管理,动物行为学,草学,食品科学,粮食、油脂及植物蛋白工程,农产品加工及贮藏工程,水产品加工及贮藏工程,发酵工程,植物学,微生物学,生物化学与分子生物学,动物学,发育生物学,遗传学,生理学,水生生物学,细胞生物学,神经生物学,生物物理学,蔬菜学,农业经济管理,林业经济管理,生态学。
专业学位博士点(1个):兽医博士。
硕士学位一级学科授权点(20个):畜牧学,作物学,兽医学,农业工程,农林经济管理,食品科学与工程,生物学,生态学,草学,机械工程,计算机科学与技术,公共管理,工商管理,管理科学与工程,植物保护,农业资源与环境,风景园林学,软件工程,应用经济学,马克思主义理论。
硕士学位二级学科授权点(101个):作物栽培学与耕作学,作物遗传育种,农业遥感与土地利用,作物生态学,植物病理学,农业昆虫与害虫防治,农药学,农业机械化工程,农业水土工程,农业生物环境与能源工程,农业电气化与自动化,农业系统工程与管理工程,环境水利,管理科学与工程,计算机系统结构,计算机软件与理论,计算机应用技术,软件工程,机械电子工程,机械制造及其自动化,机械设计及理论,车辆工程,基础兽医学,预防兽医学,临床兽医学,动物药学,动物遗传育种与繁殖,动物营养与饲料科学,特种经济动物饲养,畜牧系统管理,动物行为学,草学,食品科学,粮食、油脂及植物蛋白工程,农产品加工及贮藏工程,水产品加工及贮藏工程,发酵工程,植物学,微生物学,生物化学与分子生物学,动物学,发育生物学,遗传学,生理学,水生生物学,细胞生物学,神经生物学,生物物理学,水文学及水资源,生物化工,应用化学,土壤学,植物营养学,生态学,行政管理,社会医学与卫生管理,教育经济与管理,社会保障,土地资源管理,果树学,蔬菜学,风景园林学,国民经济学,区域经济学,财政学(含:税收学),金融学(含:保险学),产业经济学,国际贸易学,劳动经济学,统计学,数量经济学,国防经济学,会计学,旅游管理,技术经济及管理,农业经济管理,林业经济管理,马克思主义基本原理,马克思主义发展史,马克思主义中国化研究,国外马克思主义研究,思想政治教育,英语语言文学,企业管理(含财务管理、市场营销、人力资源管理)。
专业学位硕士点(5个):工程硕士,农业推广硕士,兽医硕士,公共管理,工商管理。
本科专业(75个):生物科学,生物技术,资源环境与城乡规划管理,环境科学,机械设计制造及其自动化,子信息工程,计算机科学与技术,水利水电工程,食品科学与工程,生物工程,农业机械化其自动化,农业电气化与自动化,农业建筑环境与能源工程,农业水利工程,农学,园艺,植物保护,园林,农业资源与环境,动物科学,动物医学,水产养殖学,信息管理与信息系统,工业工程,工程管理,工商管理,市场营销,会计学,,行政管理,土地资源管理,农林经济管理,金融学,法学,英语,应用化学,农村区域发展,人力资源管理,信息与计算科学,国际经济与贸易,生态学,,保险学,社会工作,动物药学,食品质量与安全,土木工程,旅游管理,粮食工程,电气工程及其自动化,音乐表演,艺术设计,草业科学,俄语,风景园林,乳品工程,制药工程,水文与水资源工程,应用生物科学,软件工程,物流工程,统计学,种子科学与工程,车辆工程,农艺教育,园艺教育,畜禽生产教育,植物保护教育,广播电视编导,对外汉语,包装工程,物联网工程,环境工程,植物科学与技术。
教学建设
质量工程
截至2016年8月,拥有国家级特色专业10个,国家级人才培养模式创新实验区2个,国家级精品课程4门、国家级精品视频公开课4门、国家级精品资源共享课2门,国家级实验教学示范中心3个,国家级大学生校外实践教育基地4个,教育部、农业部农科教合作人才培养基地4个,科技部创新人才培养基地1个,全国高校学生科技创业实习基地1个;获得全国“百篇”优秀博士学位论文1篇、提名4篇。学校是国家现代远程教育试点院校,设有全国重点建设职业教育师资培养培训基地。
国家级特色专业:动物医学、农业机械化及其自动化、农学、生物技术、农业水利工程、园艺、动物科学、计算机科学与技术、食品科学与工程、农林经济管理。
国家级人才培养模式创新实验区:乳品工程“3+1”人才培养模式创新实验区、动物科学专业创业人才培养模式创新实验区。
国家级精品课程:兽医外科学、动物生物化学。
国家级精品视频公开课:乳与健康。
国家级精品资源共享课:动物生物化学、兽医外科学。
国家级实验教学示范中心:食品科学与工程实验教学中心、植物科学与技术实验教学中心、生命科学实验教学中心
国家级大学生校外实践教育基地:东北农业大学-润盈生物工程(上海)有限公司工程实践教育中心、东北农业大学-黑龙江省农业科学院绥化分院农科教合作人才培养基地、东北农业大学-黑龙江省农业科学院园艺分院农科教合作人才培养基地、东北农业大学-兰西县种猪场农科教合作人才培养基地。 
教育部、农业部农科教合作人才培养基地:东北农业大学绥化大豆农科教合作人才培养基地、东北农业大学哈尔滨大宗蔬菜农科教合作人才培养基地、东北农业大学兰西生猪农科教合作人才培养基地、东北农业大学哈尔滨西甜瓜农科教合作人才培养基地。

东北农业大学考研专业目录:

水利与土木工程学院

资源与环境学院

农学院

园艺园林学院

动物科学技术学院

动物医学学院

工程学院

经济管理学院

生命科学学院

食品学院

理学院

文法学院

马克思主义学院

电气与信息学院

艺术学院