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学校在研究生培养阶段以学术型博士为重点,兼顾一部分应用型硕士。实行本硕博课程贯通制和学分制,采取责任导师和导师指导小组制度,责任导师全面负责研究生的全过程培养,包括指导学生选课、开题、论文研究、中期、答辩等;实行实验室轮转10制度,以扩大研究生对学科、导师、课题的选择权;学校利用中科院上海分院国家重点实验室、大科学装置的资源,支持研究生参与重大科研项目;同时学校也根据与中国国内外知名企业的合作协议,为研究生提供参与高新技术研发的机会。
自2013年成立以来,依托中科院上海分院各研究院所开展研究生培养,首届(2013级)118名中科院联培硕士研究生已顺利毕业,整体就业升学率100%。2013-2016年,学校与中国科学院大学联合招收了4届硕博连读研究生1550名。学校已获教育部批准,将结合上海科创中心建设以及上海市教育综合改革,从2017年起在7个一级学科独立招收和培养硕士和博士研究生。