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学校始终坚持以学生为中心,肩扛立德树人根本使命,着力推进卓越医生(中医学9年本博一贯制、“5+3”创新拔尖人才)、卓越科学家(中药学“4+5”本博连读创新拔尖人才)和卓越工程师(中药学/药学本硕连读应用人才)培养模式的探索。设有中医学院·中西医结合学院、药学院、医学院·整合医学学院、针灸推拿学院·养生康复学院、护理学院、卫生经济管理学院、人工智能与信息技术学院、国际教育学院及第一、二、三临床医学院等教学机构,与中国科学院上海药物研究所全面合作,共建“新中药学院”(中药学“4+5”本博连读9年制)。拥有附属医院(江苏省中医院)、第二附属医院、附属南京中医院、附属南京医院等6个直属附属医院,29个非直属附属医院、4个中西医结合临床医学院和3所附属药业(江苏康缘药业股份有限公司、苏中药业集团股份有限公司、香港位元堂药业控股有限公司),各类教学及毕业实习基地逾百所。
学校有国家发改委工程研究中心、教育部重点实验室、教育部工程研究中心、江苏省重点实验室、江苏省协同创新中心、江苏省工程研究中心(工程实验室)、江苏省高校重点实验室、江苏高校哲学社会科学重点研究基地、国家技术转移示范中心等多个科研平台。近年来,学校承担国家重大科技专项、国家自然科学基金和国家社科基金重大项目总数位列全国中医药院校前列。
学校是世界卫生组织(WHO)传统医学合作中心、国际针灸培训中心,是教育部批准接收和培养外国留学生及台港澳地区学生的首批高等中医药院校之一。1993年学校与澳大利亚皇家墨尔本理工大学(RMIT)合作开办中医学专业,首开我国与西方正规大学合作开展中医学历教育先河。
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