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学科建设
截至2015年9月，南昌工程学院共有江西省高校“十二五”重点学科6个，专业型硕士点2个。
| 所在学院 | 专业代码名称 | 研究方向 |
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（001）水利与生态工程学院
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（085214）（专业学位）水利工程
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（01）水文学及水资源
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（001）水利与生态工程学院
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（085214）（专业学位）水利工程
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（02）水土保持
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（001）水利与生态工程学院
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（085214）（专业学位）水利工程
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（03）水利水电工程
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（002）土木与建筑工程学院
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（085214）（专业学位）水利工程
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（04）岩土工程
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（003）机械与电气工程学院
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（085206）（专业学位）动力工程
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（01）水电动力工程
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（003）机械与电气工程学院
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（085206）（专业学位）动力工程
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（02）水利机械及其自动化装置设计与制造
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（004）信息工程学院
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（085206）（专业学位）动力工程
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（03）水电站综合自动化
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教学建设
截至2016年12月，南昌工程学院共拥有国家级特色专业（本科）1个、教育部“卓越工程师计划”专业4个、教育部“卓越农林计划”专业2个、省级特色专业（本科）7个、省级“卓越计划”专业6个（省“卓越工程师计划”专业5个、省“卓越农林计划”专业1个）、江西省实验教学示范中心5个和省级专业综合改革试点项目（本科）4个，先后获得国家级教学成果二等奖2项。
据2016年3月学校网站信息显示，南昌工程学院共有省级人才培养模式创新实验区2个，省级精品课程12门。
国家级特色专业：水利水电工程
省级专业综合改革试点项目：测绘工程、水文与水资源工程、电气工程及其自动化、电子信息工程
江西省实验教学示范中心：机械基础实验中心、计算机基础实验中心、测绘工程实验中心、现代传媒技术实验中心、物理实验中心
省级人才培养模式创新实验区：工程应用型水土保持人才培养模式创新实验区、计算机应用型高级人才培养模式创新实验区
省级精品课程：电子技术基础、技术经济学、操作系统、大学英语、嵌入式系统设计与开发、电路、土力学与地基基础、大学物理、大学语文、高等数学、电子商务概论、材料力学
国家级教学成果二等奖：高职高专教育水利类专业人才培养规格和课程体系改革与建设（2009年）、mba研究生管理实践能力培养模式的探索与实践（2005年）