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截至2014年4月,该校拥有2个博士学位授权一级学科点,共26个博士学位授权学科点,拥有临床医学博士专业学位授予权,有10个硕士学位授权一级学科点,74个硕士学位授权学科点。建立了3个博士后科研流动站。
皮肤病与性病学为国家重点学科,中药药理学、中医肿瘤病学为国家中医药重点学科,有12个国家临床重点专科,19个省级重点学科,42个省级临床医学重点学科和重点扶持学科 。在ESI(基本科学指标数据库)中,该校临床医学学科排名全球前1%  。
博士后科研流动站(3个)
药学、临床医学、公共卫生与预防医学

博士学位授权一级学科点(2个)
临床医学、药学
博士学位授权学科点(26个)
免疫学、内科学、儿科学、老年医学、神经病学、精神病与精神卫生学、皮肤病与性病学、影像医学与核医学、临床检验诊断学、外科学、妇产科学、眼科学、耳鼻咽喉科学、肿瘤学、康复医学与理疗学、运动医学、麻醉学、急诊医学、流行病与卫生统计学、儿少卫生与妇幼保健学、药物化学、药剂学、生药学、药物分析学、微生物与生化药学、药理学
硕士学位授权一级学科点(10个)
心理学、生物学、生物医学工程、基础医学、临床医学、口腔医学、公共卫生与预防医学、药学、中药学、护理学
专业学位点(6个)
临床医学博士专业学位、临床医学硕士专业学位、口腔医学硕士专业学位、公共卫生硕士专业学位、药学硕士专业学位、中药学硕士专业学位
省级重点学科(19个)
药理学、病原生物学、免疫学、病理学与病理生理学、儿少卫生与妇幼保健学、口腔临床医学、社会医学与卫生事业管理、中药学、老年医学、内科学(消化系病、传染病、血液病)、神经病学、外科学(泌尿外、骨外、普外)、妇产科学等
国家临床重点专科(12个)
呼吸内科、神经内科、泌尿外科、皮肤科、急诊科、麻醉科、病理科等
教学建设
质量工程
截至2014年4月,该校设有临床医学(七年制)、临床医学(五年制)、口腔医学、预防医学、生物技术、护理学、公共事业管理、药学、中药学、医事法学、食品质量与安全、临床药学、生物医学工程等24个本科专业。跻身国家“中西部高校基础能力提升工程”,是国家级大学生创新创业训练计划承担高校。
《流行病学》、《临床药理学》是国家级精品课程,预防医学、药学、临床医学、公共事业管理专业是国家级高等学校特色专业建设点,临床药理学教学团队为国家级教学团队,公共卫生与预防医学实验教学中心获批国家级实验教学示范中心。启动卓越医生教育培养计划,3个项目跻身国家级试点。1门课程入选教育部来华留学英语授课品牌课程。获得国家级教学成果二等奖一项  。
国家级“卓越医生”教育培养计划试点项目:面向农村基层的全科医生人才培养模式改革试点、临床医学硕士专业学位研究生培养模式改革试点、五年制临床医学人才培养模式改革试点
国家级专业综合改革试点:药学、临床医学
省级特色专业:生物技术、口腔医学、护理学、临床医学(康复医学)、卫生检验与检疫、公共事业管理、麻醉学等
省级专业综合改革试点:口腔医学等
省级教学团队:医学免疫学教学团队、卫生事业管理教学团队、《思维与沟通》教学团队、麻醉学教学团队、药理学教学团队、妇产科学教学团队等
省级实验教学示范中心:基础核医学与辐射防护实验中心、病原与免疫学实验中心、细胞生物学实验中心、形态学实验中心、理化中心、机能学实验中心等
省级精品课程:实验室生物安全、外科学、医学形态学实验课程、内科学、分子生物学(研究生)、药事管理学、儿科学、儿童少年卫生学、细胞生物学、卫生管理运筹学、生理学、妇产科学、思维与沟通、儿科学、组织学与胚胎学、病理学、生物药剂学与药物动力学、全科医学概论、细胞生物学、生理学、病理生理学、生物化学、临床流行病学等
安徽省人才培养模式创新实验区:医药复合型人才培养模式创新实验区、卫生事业管理专业应用型人才培养模式创新实验区

安徽医科大学考研专业目录:

基础医学院(一)

生命科学学院

公共卫生学院

卫生管理学院

口腔医学院(附属口腔医院)

临床药理研究所

药学院

马克思主义学院

安徽省精神医学中心

护理学院

第一临床医学院(第一附属医院)

第二临床医学院(第二附属医院)

第四临床医学院(第四附属医院)

巢湖临床医学院(附属巢湖医院)

省立临床学院(附属省立医院)

第三附属医院(合肥市第一人民医院)

附属合肥医院(合肥市第二人民医院)

解放军临床学院(解放军105医院)

附属省儿童医院(省儿童医院)

合肥口腔临床学院(合肥市口腔医院)

附属妇幼保健院(省妇幼保健院)

附属安庆医院(安庆市立医院)

附属六安医院(六安市人民医院)

滁州临床学院(滁州市第一人民医院)

阜阳临床学院(阜阳市人民医院)

附属宿州医院(宿州市立医院)

解放军306临床学院(解放军306医院)

解放军307临床学院(解放军307医院)

空军临床学院(解放军空军总医院)

海军临床学院(解放军海军总医院)

武警总医院临床学院(武警总医院)

上海皮肤病临床学院(上海市皮肤病医院)

解放军八一临床学院(解放军八一医院)

无锡临床学院(解放军101医院)

新疆临床学院(新疆自治区人民医院)

解放军174临床学院(解放军174医院)

北大深圳医院临床学院(北京大学深圳医院)

深圳二院临床学院(深圳市第二人民医院)

上海临床学院(上海市第十人民医院)

广东皮肤病临床学院(广东省皮肤病医院)

马鞍山临床学院(马鞍山市人民医院)

合肥第三临床学院(合肥市第三人民医院)

上海普陀中心临床学院(普陀区中心医院)

附属阜阳医院