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据2014年2月学校官网显示,学校设有临床医学、基础医学、药学3个一级学科硕士学位授权点,涵盖3个一级学科所属二级学科46个专业,本科层次开设有医学、理学和管理学3个学科门类、27个专业(含方向),专科层次具备招生资格的专业有21个;国家临床重点专科建设项目1个(急诊医学)、国家中医药管理局中医药重点学科1个(中医肝胆病学)。拥有省级重点学科(含医学重点学科)8个(内科学、药物化学、妇产科学、神经内科学、医学影像学、病理学等)。
教学建设
教学成果
据2014年2月学校官网显示,学校拥有国家特色专业建设点2个(药学专业、临床医学专业),国家级教育培训基地1个(卫生部全科医学专科医师培训(海南)试点基地)、全国科普教育基地1个(海南省人类生命科技馆)、国家级实验教学示范中心建设单位1个(临床技能实验教学中心)、国家精品视频公开课建设选题1项(《病理学》课程“肿瘤知识ABC”)。
建有省级教学示范中心3个(临床技能实验教学中心、基础医学教学中心、教育技术中心)、省级特色专业8个(临床医学、药学、预防医学、中医学、医学影像学、护理学、医学检验、口腔医学)、省级教学团队4个(实验生理科学、医学影像学、药学、病理学)、省级重点课程3门(生物化学与分子生物学、生理学、病理学与病理生理学)及17门省级精品课程(医学免疫学、病理学、诊断学、生理学、生物化学、临床生物化学与生物化学检验、系统解剖学、流行病学、组织学与胚胎学、医学微生物学、病理生理学、人体寄生虫学、普通心理学、天然药物化学、医学影像学、临床血液学与检验等)。 
从1996年开始,学校陆续出台了课程建设标准和管理办法。据2014年2月学校官网显示,学校共开设了749门课程,其中,本科课程449门,专科及成人教育课程300门;各专业课程全部通过了合格课程评估;校级重点课程5门,校级精品课程10门,在建网络课程208门,优秀网络课程15门。获得教育教学研究课题109项,学校教育教学研究课题72项,学校CAI课件立项30项,省级教学成果6项,全国多媒体教育软件4项,省级多媒体教材(软件)奖18项。
此外,海南医学院附属医院是全国综合医院中医药工作示范单位、海南省首家国家医师资格考试实践技能考试基地与考官培训基地、海南省唯一的国际旅行者医疗救助协会(IAMAT)成员单位、国家卫生部人类辅助生殖技术技术准入机构、国家人力资源和社会保障部批准的目前全省惟一的博士后科研工作站的医疗机构。