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2002年和2007年,学校先后两次在教育部组织的本科教学工作水平评估中获得“优秀”成绩;2010年12月,中医学专业通过教育部试点认证;2016年,物理治疗学(PT)和作业治疗学(OT)两个培养方向分别通过世界物理治疗联盟(WCPT)、世界作业治疗联盟(WFOT)的认证。
据2017年1月学校官网信息显示,学校拥有3门国家级精品课程、4个国家级特色专业、1门国家级双语教学示范课程、1个国家级人才培养模式创新实验区、2门国家级精品视频公开课、3门国家级精品资源共享课、1个国家级专业综合改革试点、2项国家级卓越医生(中医)教育培养计划改革试点项目、5个省级实验教学示范中心、1个国家级大学生校外实践教育基地和92项国家级大学生创新创业训练计划项目;在近两届教学成果评选中获国家级二等奖1项,省级特等奖3项、一等奖5项、二等奖9项。
国家级精品课程:康复护理学、中医诊断学、中医骨伤科学基础 
国家级特色专业:中医学、针灸推拿学、护理学、中西医临床医学
国家级双语教学示范课程:经络俞血学
国家级人才培养模式创新实验区:中医师承人才培养模式创新实验区
国家级精品视频公开课:中医健康理念、经络养生一点通 
国家级精品资源共享课:康复护理学、中医诊断学、中医骨伤科学基础
国家级专业综合改革试点:中医学 
国家级大学生校外实践教育基地:福建中医药大学附属人民医院 
省级实验教学示范中心:中药学实验教学中心、中西医临床技能实践教学中心、中西医结合基础医学实验教学中心、中西医护理技能实践教学中心、康复实践教学中心

学科建设
据2017年1月学校官网信息显示,学校有2个博士学位授权一级学科,17个博士学位授权点,有6个硕士学位授权一级学科,46个硕士学位授权点,有4个硕士专业学位类别;有2个博士后科研流动站;有国家中医药管理局重点学科20个、福建省重点学科7个、福建省特色重点学科2个。
博士学位授权一级学科:中医学、中西医结合
硕士学位授权一级学科:中医学、中西医结合、临床医学、药学、中药学、护理学
硕士专业学位类别:中医学、中药学、药学、护理学
博士后科研流动站:中医学、中西医结合
国家中医药管理局重点学科:伤寒学、中医文献学、方剂学、中医诊断学、中医脾胃病学、中医骨伤科学、中医康复学、中医护理学、针灸学、中药化学、中西医结合临床、内经学、中医急诊学、中医养生学、推拿学、中药分析学、临床中药学、中西医结合基础、中医心理学、中医预防医学
福建省重点学科:中西医结合、护理学、康复医学、临床医学、药学、中药学、中医学
福建省特色重点学科:中西医结合、临床医学(康复医学方向)