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学科建设
根据2015年1月学校官网显示，学校有一级学科博士学位授权点8个（基础医学、临床医学、口腔医学、公共卫生与预防医学、药学、特种医学、护理学、人文医学）、二级学科博士学位授权点50个；一级学科硕士学位授权点11个、二级学科硕士学位授权点73个；博士后科研流动站7个，学位授权点已覆盖医学、理学、工学、管理学、法学、教育学和文学等7个学科门类；拥有3个国家重点学科、1个国家重点培育学科、2个江苏省一级学科国家重点学科培育建设点、3个江苏省一级学科重点学科。基础医学、公共卫生与预防医学、临床医学、口腔医学是江苏省高校优势学科。 学校附属医院中拥有国家临床重点专科28个。 [2] 4个学科进入“基本科学指标”数据库（Essential ScienceIndicators，简称ESI）全球前1%。
2017年12月28日，教育部学位与研究生教育发展中心公布了全国第四轮学科评估结果。学校公共卫生与预防医学在全国54所参评高校中获评A+等级，基础医学、临床医学、口腔医学、护理学获B+等级，药学获评B等级。
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国家重点学科
内科学、劳动卫生与环境卫生学、药理学
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国家重点（培育）学科
病理学与病理生理学
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江苏省一级学科重点学科
基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学、药学
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一级学科博士点
| 学科名称 | 学科代码 | 学科名称 | 学科代码 |
|---|---|---|---|
| 1001 | 基础医学 | 1002 | 临床医学 |
| 1003 | 口腔医学 | 1004 | 公共卫生与预防医学 |
| 1007 | 药学 | 1009 | 医学 |
| 1011 | 护理学 | 1022 | 人文医学 |
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一级学科硕士点
| 学科代码 | 学科名称 | 学科代码 | 学科名称 |
|---|---|---|---|
| 0402 | 心理学 | 0710 | 生物学 |
| 0831 | 生物医学工程 | 1001 | 基础医学 |
| 1002 | 临床医学 | 1003 | 口腔医学 |
| 1004 | 公共卫生与预防医学 | 1005 | 中医学 |
| 1007 | 药学 | 1009 | 护理学 |
| 1204 | 公共管理 |
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2012年教育部学科评估
在教育部2012年第三次学科评估中，南京医科大学共有5个一级学科参评，结果如下：
| 学科代码 | 学科名称 | 全国排名 |
|---|---|---|
| 1004 | 公共卫生与预防医学 | 3 |
| 1003 | 口腔医学 | 6 |
| 1001 | 基础医学 | 7 |
| 1011 | 护理学 | 8 |
| 1002 | 临床医学 | 18 |
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博士后科研流动站
基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学、口腔医学、药学等
教学建设
截止2015年9月，学校建成5门国家级精品课程、13门省级精品课程，有5个国家级特色专业、5个省级特色专业、3个省级品牌专业、2个国家级双语教学示范课程；建成2个国家级实验教学示范中心、9个省级实验教学示范中心、19个中央和地方财政共建高校教学实验室、有1个国家级人才培养模式创新试验区。主编6部国家“十二五”规划教材。学校的招生和就业工作受到社会各界的好评，就业率始终保持在95%以上，多次被评为“江苏省毕业生就业工作先进集体”。
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国家级精品课程
卫生毒理学、机能实验学、人体结构学、医学形态实验学、口腔正畸学。
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省级精品课程
生理学、康复医学、医学统计学、口腔颌面外科学、职业卫生与职业医学、口腔修复学、诊断学、医患沟通学、病理学、外科学总论、医学寄生虫学等。
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国家特色专业
护理学、口腔医学、康复治疗学、临床医学、预防医学。
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国家级实验教学示范中心
预防医学实验教学中心、基础医学实验教学中心。
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省级实验教学示范中心
康复医学实验教学示范中心、医学影像学实验教学示范中心、护理学实验教学示范中心、药学实验示范中心、预防医学实验教学中心等
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国家级教学团队
预防医学教学团队、基础医学实验课程群教学团队等