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医药工业是一个技术密集型“常盛、常青”的朝阳产业，国际和国内的制药企业及单一药品的生产量均在不断增加，作为新兴交叉整合学科的制药工程专业，近几年得到了很大发展，这方面的人才需求量日益扩大。根据社会需求，结合我系具体的师资、实验、实习及其他教学条件，以省级植物化学重点实验室为依托，经过反复调研、论证，于2002年申报了“制药工程”专业，并获批准，2003年开始招生。该专业的三个方向分别为：化学制药；中药制药；药物质量检测与分析。
制药工程专业的主要课程有：有机化学、物理化学、化工原理、生物化学、药物化学、药剂学、药物分析、制药工艺学、药厂设备及车间工艺设计等。该专业以以药学和化学工程为基础，以中药制药为特色，依托太白山丰富的中药资源，开展多方位的教学与研究工作。本专业面向研究所、设计院、大中型企业等单位，培养具备中药制药和化学制药等方面的基本知识和实验技能，能在医药、精细化工和生物化工等部门从事医药产品的生产、开发，工程设计，质量控制与分析，应用研究和经营管理等方面的高级工程技术人才。
制药工程专业现有专业教师12名，其中教授2人，副教授3人，博士3名，硕士4名，形成了一支由教授、博士、硕士组成的学科梯队，教研室现任主任为赵立芳教授。
制药工程专业已投资近300万元建成了制药工程专业实验室，实验室用房面积约980平方米，下设生物化学基础实验室、药物化学实验室、药物合成实验室、生化与药理实验室、药物制剂实验室、制剂分析实验室、专业综合与开放实验室等7个实验分室和1个药用植物标本室，良好的实验条件有效的保证了实验教学的顺利进行。建立了宝鸡辰济药业有限公司、西安吉世药业有限公司、成都维奥药业公司、杨凌济康制药、宝鸡金雁公司等多个实习基地。
由于本专业高度重视教学工作，强调瞄准前沿抓基础，坚持以育人为根本，提倡学生的个性发展，在03、04级毕业生83人中有12名同学考上了研究生，他们分别就读于山东大学、华南理工、中国药科大学、山西医科大学、温州医学院、黑龙江医科大学、陕西中医学院等院校。
毕业生的主要流向：院校、研究所、企业（化工厂、药厂）、药品营销等，03、04级毕业生就业率达100%。