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同济大学秉持“本科教育为立校之本,研究生教育为强校之路”办学方针,早在 20 世纪50 年代初即在部分专业招收培养研究生。1978 年学校恢复招收硕士研究生,1981 年起招收博士研究生,同年被国务院学位委员会批准为首批有权授予博士、硕士学位的单位。1986 年经国务院批准试办研究生院,1996 年经评估正式成立研究生院,成为我国培养高层次专门人才的重要基地之一。学校始终注重“人才培养、科学研究、社会服务、国际交往”四大功能均衡发展,综合实力位居国内高校前列。现有博士学位授权的一级学科 31 个,专业博士学位授权点 3 个,有硕士学位授权的一级学科 55 个,专业硕士学位授权点 17 个,工程硕士授权领域 26 个,学科设置涵盖工学、理学、医学、管理学、经济学、哲学、文学、法学、教育学、艺术学等 10 个门类。在对德为主的国际合作基础上,发展、建立起有特色、全方位、主动型、高层次的国际交流与合作体系框架,形成了具有同济特色的国际化模式,已基本构建起了“综合性、研究型、国际化知名高水平大学”的整体框架。其中:土木工程、建筑学和交通运输工程为国家重点一级学科;海洋地质、工程力学、材料学、机械设计及理论、控制理论与控制工程、大地测量学与测量工程、环境工程等 7 个学科为国家重点二级学科;基础数学、凝聚态物理、车辆工程等 3 个学科为国家重点(培育)学科。上海市重学科有 19 个。在教育部学位与研究生教育发展中心发布的 2012 年学科评估中,土木工程一级学科继续保持全国高校排名第 1;城乡规划学、风景园林学排名第 2;海洋科学、建筑学、交通运输工程、环境科学与工程排名第 3;获得全国前 5 名的学科共有 9 个,获得全国前 10 名的学科共有 13 个;共有 23 个学科进入全国排名前 30%。我校还设有 25 个博士后流动站,36 个重点研究基地,其中国家级重点实验室 4 个 ,省部级重点实验室 11 个,国家级研究中心 2 个,省部级研究中心 9 个,校级重点实验室 1 个。
按照教育部调整和完善我国学位与研究生教育模式的工作部署,我校于 2009 年又启动了全日制专业学位教育项目,旨在优化研究生培养结构,建立以创新能力为核心的工程类人才培养模式,使之符合现代教育规律、满足我国工程界对人才的需求。学校既培养学术型、研究型研究生,又培养应用型、复合型专业学位研究生;既有在校全日制攻读学位模式,又有在职人员攻读专业学位或以同等学力申请博士、硕士学位等等。此外还充分发挥我校学科优势和特色,由此形成了多渠道、多规格、多层次的办学模式,取得了良好的社会效益。同济大学研究生院是校长领导下具有相对独立职能的研究生教学和行政管理机构,下设研究生招生处、培养处、管理处、综合处、在职教育管理处、学位办公室、研究生教育创新基金管理办公室、嘉定校区研究生工作办公室等。同时,学校党委还专门设立了研究生工作部。学校学位评定委员会日常管理机构设在研究生院。按学科大类和学科特色,校学位评定委员会分设 17 个学位评定分委员会,以一级学科为单位设有 48 个学科专业委员会,按职业学位类型设有 10 个专业学位教育指导委员会,以工程硕士领域设有 18 个工程硕士领域教育指导委会。
各研究生培养院系设有研究生管理部门,配有学位秘书、教务员、班主任、研究生教学秘书等行政管理人员。