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有机化学主要依托于浙江省精细化学品传统工艺替代技术研究重点实验室、浙江省”功能化多孔材料与绿色替代技术”重点创新团队、绍兴市医药化工公共创新服务平台，是浙江省“十二五”化学重点学科的主要支撑学科，主要研究方向有：（1）有机合成化学，重点开展有机合成方法学、不对称合成、有机合成新反应等方面的研究。（2）物理有机化学，重点开展有机反应动力学、热力学方面的理论计算和实验研究。（3）有机催化，重点开展过渡金属均相催化、非均相催化、光催化的化学反应研究。（4）药物及中间体合成，重点开展药物分子设计，药物及中间体合成新工艺、新技术和新剂型的提升等研究。研究生培养过程中不仅重视基础理论知识的获取，而且注重应用开发能力的训练，为将来从事化学、制药、化工、新材料等领域的科研、教学和技术开发工作打下扎实的基础。
本学科现有教授及教授级高工4人、副教授及高工6人，博士学位获得者19人。近五年来承担国家自然科学基金项目8项、浙江省自然科学基金及浙江省公益性技术应用研究计划项目14项，并承担市厅级科研项目和企业委托的技术开发合作项目30余项。近五年来在国内外专业刊物上发表学术论文130余篇，其中SCI收录论文80余篇。学位点拥有400兆核磁共振、气质联用、液质联用、X射线衍射、电感耦合等离子体发射光谱仪、红外光谱仪、元素分析仪、气相色谱仪、液相色谱仪、离子色谱仪等较为先进的实验仪器设备。
学位点带头人齐陈泽博士、教授，现担任绍兴文理学院化学化工学院院长，浙江省精细化学品传统工艺替代技术研究重点实验室主任，浙江省功能化多孔材料与绿色替代技术研究重点创新团队绿色替代技术研究方向首席科学家。主要开展有机合成化学与功能材料等方面的基础与应用研究，先后主持国家自然科学基金2项，浙江省青年人才培养基金1项，浙江省自然科学基金1项，浙江省有机化学精品课程建设项目1项，绍兴市科技重点项目3项，地方企业合作项目30余项，年均到校科研经费总额超过100万元。在着名学术期刊J.Mater.Chem、GreenChemistry、JournalofOrganicChemistry、Carbon等发表SCI收录论文120余篇，授权发明专利15项，获浙江省科学技术二等奖1项。入选浙江省“151人才”第二层次；浙江省高校中青年学术带头人；浙江省“十二五”重点学科带头人；入选绍兴市高级专家；多次入选绍兴市专业技术拔尖人才；担任绍兴市市级领军人才和绍兴市级创新团队带头人。
学位点沈润溥博士、教授，1993年本科毕业于西安交通大学化工系，1998年硕士毕业于浙江大学化工系，1998-2004年任职于浙江医药股份有限公司新昌制药厂，历任公司研究院化工所所长，车间主任，合成分厂副厂长等职，从事药物全合成研究与生产，主持或参与了维生素A的全合成，β-胡萝卜素的全合成，维生素H的技术攻关，国家级抗锥虫新药盐酸锥双净的合成，虾青素的全合成等多个重大项目。2004年6月毕业于浙江大学化工系，获博士学位，毕业后即到绍兴文理学院从事教学和科研工作至今，研究领域为药物合成及精细化工，主持多项国家、省、市级项目。申请国内外专利40余项，获授权发明专利30余项（其中第一发明人美国专利局授权专利两项）；核心期刊发表文章10余篇（SCI四篇，EI三篇）；2009年以第一完成人获浙江省技术发明二等奖一项；近三年承担多项横向科技项目，全部顺利完成，所研发产品实现产值20亿元以上。主要个人荣誉：2011年“第十一届浙江省青年科技奖”；2010年“第九届绍兴市十大杰出青年”；2010年“绍兴市首届青年科技奖”。入选浙江省“新世纪151人才工程第二层次”培养人才，受聘为“浙江省首批块状经济转型升级服务医药化工组专家”；获2009年省科技厅颁发的浙江省“企业帮扶促调先进个人”的荣誉。主要个人科研获奖：（1）2009年浙江省科学技术二等奖，维生素A中间体五碳醛的合成工艺，0902064-1；（2）2009年高邮市科学技术进步一等奖，抗抑郁症新药氟伐沙明的关键中间体-（4-三氟甲基）-5-甲氧基苯戊酮，2009011，（3）2010年中华全国工商联合会科技进步一等奖（10KJJ-1-13-02）。
学位点季根忠博士、教授，2000年前从事炼油工艺开发，多次获得中国石化科技进步三等奖。2001年从事精细化工产品的研究与开发。先后开发并工业化国家级新产品叶醇、高顺式-二氢茉莉酮酸甲酯，其中叶醇、高顺式-二氢茉莉酮酸甲酯分别获浙江省科技进步二等奖和三等奖。有较丰富的精细化工研究与生产经验。被绍兴多家上市公司特聘为技术总监、顾问等。
本学位点其它指导教师均在国内外着名大学获得博士学位，在各自学科领域具有比较丰富的学术积累。